据公司和项目的特点灵活构建，组织机构的设置要突出以项目经理为领导核心、以商务(经营)经理为工作中心的层次与职责清晰、领导与分工明确、全员参与的运行体系。
组织机构建立起来以后，要针对机构中的每个岗位制定详细的成本责任和工作标准，为项目成本管理奠定组织基础。
五、项目成本管理程序
项目成本管理至少应包括以下程序：
项目部建立→公司下达成本控制指标(或签订成本控制协议)→编制施工组织设计及成本策划书→确定成本目标→询价及合同签订→资源供应→组织施工→积累原始资料及记录→分阶段的成本核算→差异原因分析→改善成本对策→成本考核。
成本管理要遵循如同质量管理的PDCA循环，PDCA要贯穿于项目部、各部门及每个人的工作当中去，所有的工作都要有策划、有实施、有检查、有落实，这样才能逐渐提高项目成本管理水平。
项目成本管理除了要遵循以上基本管理程序以外，更重要的是要对成本管理中的各项工作制定工作程序，并且明确工作权限。
程序的制定虽然很复杂，需要管理层做大量细致的工作，但是程序的制定又是相当实用的，其在成本管理中的作用会逐渐显现出来。
六、项目成本管理方法
1.项目组织管理。(1)项目管理实行项目经理负责制，项目经理与公司在开工前签订承包责任书。(2)项目承包实行工程直接费降低额或总费用降低额承包，降低额由公司与项目经理协商确定。(3)项目部的成员由项目经理选定，项目组织机构可在公司要求的基础上适当调整，但要经公司同意，项目成员首先从公司内部选定，如人员素质达不到要求，应列出需求计划，报公司批准后可以外聘，保证项目部成员精干，可以降低项目管理成本。(4)项目经理与项目管理人员签订责任合同，将成本责任落实到人，项目经理对项目部成员有分配、调动、辞退和奖罚的权力。(5)项目部制定工作考核标准，将成本控制要求列入考核标准。
2.施工组织策划管理。(1)施工组织设计应在开工前一个月完成，施工方案应在施工前一个月完成，留出充足的准备时间，避免盲目施工造成的成本浪费。(2)施工组织及方案策划应由项目经理组织、项目总工及工程技术人员共同参与，各部门进行会签，优化施工方案、降低工程成本。(3)施工组织设计及施工方案应规定明确的审批权限，该由公司把关的必须通过公司审批。施工前项目部要组织相关人员对施组和方案进行交底。(4)施工现场全过程统一规划，避免或减少二次搬运。(5)合理安排工序及流水段划分，减少交叉作业和窝工，减少周转材料的使用，缩短施工工期。(6)在综合分析的基础上采用新技术，降低工程成本。
3.项目成本策划管理。(1)开工前项目商务经理应组织项目管理人员寻找工程的盈利点和降低成本的途径，编制项目成本策划书，成本策划是施工过程中成本控制的依据和标准。(2)项目成本策划书内容应包括：项目成本目标、工程预算成本、工程计划成本、计划成本降低额、降低成本措施、成本核算、分析与考核方法等内容。(3)项目成本策划书除有总策划以外，还宜分阶段策划，宜按年度、季度或工程分部分项策划，为成本分析和核算创造条件。(4)成本策划应与施工组织策划相结合，也就是技术经济相结合，共同寻求和创造降低成本的措施和方法，并有计划地实施。
4.合同管理。(1)所有合同，包括劳务分包合同、专业分包合同、采购合同、租赁合同、技术合同协议等，应提前签订，严禁既成事实的被动情况发生。(2)所有合同均要由商务经理组织技术、质量、安全、机械、材料、经营等相关专业在合同签订前进行会签，堵塞合同漏洞。合同签订后