甲供料”可能存在实物流转与账面流转不一致的情况。“甲供料”由总承包商统一购入，由材料部门填制材料调度单将材料调拨至各个分包商。因施工企业在整个工程项目中材料出入库频繁，需要由材料管理部门处理材料的出入库情况，一般内部控制较好的公司会有材料消耗台帐，月末根据材料部门的材料消耗报表来计入成本。如果企业没有要求编报月报而是季报，那就是在季末编制消耗报表，把当期的材料消耗记录到成本，因为材料消耗不仅仅在当期末，而是在整个施工阶段，根据施工进度消耗，预算部门一般会编制一个暂估成本给财务部门，财务部门据以编制报表暂估入成本。也就是说总承包商对于材料按估计计入工程成本，但发出的材料由各分包商使用，因此，总承包商无法掌握材料的使用情况。总承包商在没有与分包商结算前因无法掌握材料的消耗程度，存货的实物流转与账面流转时是不一致的
2、“甲供料”可能影响主营业务收入的确认。根据《具体会计准则——建造合同》的规定,准则要求一般情况下采用完工百分比法确认收入，考虑到一些企业资金短缺，拖欠较为严重，合同收入的收回具有较大程度的不确定性的现实，允许采用回收成本法，采用完工百分比法要确定完工进度，完工进度的确定可用累计实际发生的合同成本占合同预计总成本的比例，在确定合同成本时，新准则要求扣除已投入使用但尚未使用的材料成本和对分包单位工程的预付款。因材料调拨给分包商后，总承包商无法掌握材料的使用情况，预算部门对于当期计入成本的材料款是采取估计的方式，这对确定完工进度一个障碍，在一个工程项目跨度好几年的情况下，这会影响到各期主营业务收入的确认。其次，材料的调拨通过往来帐款来结算，而总承包商与分包商之间的工程结算也是通过往来账款科目来核算。如果所使用的往来帐户同时核算由总承包商购入与分包商按合同价款结算的款项和工程计价的款项。应收应付对冲后，分包商实际计入主营业务收入的可能是两者的差额，这就少计了收入。同时，材料直接进总承包商的成本，而不作为分包商的工程成本，减少了分包商的成本。
二、从税法的角度分析
1、根据《中华人民共和国营业税暂行条例》的规定，纳税人兼营应税劳务与货物或非应税劳务行为的，应分别核算应税劳务的营业额或非应税劳务的销售额。不分别核算或者不能准确核算的，其应税劳务与货物或非应税劳务一并征收增值税，不征收营业税。施工企业对外提供施工劳务并购入材料与分包商按合同价款结算可以视为一种兼营行为。如果自用的材料与统一购入后又按合同供给分包商的材料分别核算，根据《中华人民共和国增值税暂行条例》的规定将购入的货物销售给他人应当计算缴纳增值税。如果没有分别核算纳税人兼营的应税劳务是否应当一并征收增值税，由国家税务总局所属机关确定。当采用“甲供料”材料管理核算方式时，它不同于以材料抵工程预付款的情况。“甲供料”实际上是一种销售行为，因此根据税法的有关规定，当一项工程中有“甲供料”时，就会涉及到缴纳增值税或者营业税的问题。可是在实际的操作过程中，“甲供料”的帐务处理只通过往来帐户转账抵消应付应收款项，所以“甲供料”的核算存在一个税务上的盲点。
2、施工企业所提供的劳务属于应税劳务，按照税法的规定应缴纳营业税。从事建筑、修缮、装饰工程作业，无论怎样结算，营业额均包括工程所用原材料及其他物资和动力的价款。虽然税法这样规定，可是在实际操作中是以开出工程结算发票时同时计算税金的，因为，“甲供料”在实际操作中为操纵主营业务收入和主营业务成本留有空间，通过对冲往来帐户来抵消材料款和工程款两笔不同的交易的做法来减少分包商确认主营业务收入和主营成本已达到减少计提